วันที่ 30 มีนาคม 2563 ศูนย์สร้างทางกาญจนบุรี ได้ทำการฉีดพ่นยาฆ่าเชื้อภายในบริเวณศูนย์ เพื่อป้องกันเชื้อไวรัส Covid-19 ทั้งยังมีมาตรการ ปิดทางออกศูนย์ ให้เหลือช่องทางเดินรถ เข้า-ออกทางเดียวกัน และตั้งด่านสกัดคัดกรองผู้เดินทางเข้ามาภายในมีการวัดอุณหภูมิร่างกายก่อนเข้า และตั้งเจลล้างมือแอลกอฮอล์ไว้ตามจุดต่างๆ เพื่อจำกัดการเข้าออก ลดการแพร่เชื้อเข้ามายังภายภายในศูนย์